近年来，越来越多的菜农开始使用微生物菌肥，但常常把生物菌肥当成普通肥料，不分种类、不分用途地施用，影响了施用效果。在此，建议菜农根据不同用途，选择合适的菌肥品种，才能起到更好的效果。
　　菌肥效果是由其中的生物菌种类决定的。在菌肥中，应用最广泛的是细菌，细菌中的芽孢杆菌是菌肥中重要的组成部分，芽孢杆菌中常用于做菌肥生产的有巨大芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和胶质芽孢杆菌等。巨大芽孢杆菌可以用来生产解磷固钾肥，具有很好的降解土壤中有机磷的功效；枯草芽孢杆菌主要用来发酵腐熟各类有机肥（粪肥）；胶质芽胞杆菌又叫硅酸盐细菌，能分解硅谷酸盐和铝硅酸盐组成的含钾矿物，具有溶磷、释钾和固氮功能。
　　我们使用菌肥的用途不同，所选择的生物菌种类也不同，有的用来腐熟有机肥，避免烧根，如激抗菌968肥力高；有的能够产生抗生素，抑制根际周围有害菌，避免根部病害侵染，同时增强根系功能等等，如大源落地生根等。应根据生物菌肥的种类，合理选择生物菌肥。
　　菜农把菌肥当成常规肥料施用是不正确的，它是一种辅助性肥料，本身不含有植物需要的营养元素，而是通过微生物的生命活动，加速养分的转化，促进作物对养分的吸收，抑制有害菌的活动。因此，菌肥一定要与有机肥配合使用，才能充分发挥它的增产效能。