酵素菌秸秆堆肥是用酵素菌堆制发酵的农作物秸秆，由微生物产生多种酶，促进有机物水解，使发酵物分解转化为可供植物生长的营养物质的有机肥料。
     一、材料准备。每1000公斤作物秸秆需要酵素菌1公斤-2公斤，尿素5公斤（可用10%的人粪尿、鸡粪或是30%土杂肥代替），麦麸5公斤，过磷酸钙5公斤。
     二、材料处理。玉米秸、高粱秸最好铡成20-30厘米的小段（如堆制时间长可整条秸秆堆沤），矮秸秆作物如麦秆、豆秆等可以不铡段。
     三、堆制要点："吃饱、喝足、盖严"。所谓"吃饱"是指秸秆和调节碳氮比的尿素或土杂肥及麦麸要按所需求的量加足，以保证堆肥质量。"喝足"就是秸秆必须被水浸透，加足水是堆肥的关键。"盖严"就是成堆后用泥土密封，可起到保温保水作用。堆制10-15天可翻堆1次并酌情补水，加速成肥过程。如不进行翻堆，要在中央竖数把秸秆束，便于透气，满足好气性微生物活动。
     四、堆制方法
     1、集中堆制。①选择背风向阳的地方建堆，以利增温。②堆制场地四周起土埂30厘米，堆底要求平而实，以防跑水。③将已湿透的秸秆撒于堆处，堆高60厘米时浇足水，料面先撒尿素、磷肥总量的2/10，再加少量水溶解，然后撒扩大菌和麦麸混合总量的2/10，再撒秸秆高60厘米，按上述方法分别撒化肥和麦麸扩大菌的4/10，上面再撒秸秆30-40厘米厚及其余的化肥和菌，最后用泥封存1.5-2厘米。要求堆宽1.5米-2米，高1.5米-1.6米，长度不限。分3-4层堆沤。稻秆、麦秆、豆秆纤维长的材料不可踩实，玉米秆应适当踩实，但不可太实，否则影响发酵。
     2、深埋堆沤。在果园行间挖宽50-60厘米，深1米的条沟，在沟内按上述堆制方法进行堆沤，成肥可直接供果树利用。
     3、温室底施。在室内挖深1米，宽40-50厘米的定植沟，在沟内撒30-40厘米秸秆进行堆制，堆制方法同上。最上面盖足土施肥后直接定植。秸秆应铡成20-30厘米的小段。
     五、堆肥检验标准。成肥颜色以黄褐色最佳，无气味或有点霉味和发酵味最优，纤维变脆，轻压便碎。