1、根瘤菌肥。使用于豆科作物，一般用作拌种。每667平方米用30-40克，加适量的水调均粘附于种子。要求随拌随播，忌干燥和阳光直晒。超过48小时应重新拌种。作物出苗后发现结瘤效果差时，可在幼苗附近浇泼对水的根瘤菌肥。如用经农药消毒的种子，应在根瘤菌拌前2-3周消毒。
　　2、固氮菌剂。除豆科作物外的各种作物，如小麦、玉米，蔬菜等都可施用。可作基肥、追肥，或用来蘸根、拌种。不能与强酸、强碱或有杀菌作用的农药、肥料同时使用。也不能与大量的氮肥同时施用，至少要相隔10天。但与有机肥、磷钾肥混合施用，则有利于促进固氮菌的活性。每667平方米用量0.5-1千克，先用清水将作物种子拌湿，撒上菌剂拌匀，最好先与麸糠，碎玉米和磷肥等配成营养液，在将种子倒入拌匀。追肥时可与土粪拌和沟施或穴施在植株附近。
　　3、抗生菌剂。能减轻作物烂种烂根，提高出苗率，并能促进生长，促使早熟。对一些地下害虫也有一定的抑制作用。麦类、豆类可用菌粉拌种。先将种子用水喷湿，每667平方米用菌粉30-50克，拌匀，也可将菌粉5-10份，混入饼粉10份，肥土100-300份的饼土肥粉中。作基肥或追肥，每667平方米用100-250千克，与过磷酸钙混合作种肥效果好。可与杀虫剂混用，但不可与杀菌剂混用。硫酸铵、硝酸铵、碳酸氢铵对其有抑制作用，施后10余天才能使用抗生菌肥。
　　4、磷菌剂。一般可分两种：一种是有机磷细菌，借助于细菌生命活动中产生的酶，使难以利用的有机磷转化成能为植物利用的形态；另一种是无机磷细菌，通过它产生的酸，加强土壤中难溶性磷酸盐的溶解。可作基肥或与固氮菌剂、抗生菌剂混合施用，肥效最好。
　　5、钾菌剂。应用范围较广，小麦、玉米、蔬菜等作物都能施用。用作基肥，每667平方米25千克；用于拌种，每667平方米5千克，拌和干细土调成稀糊状拌种；用作追肥，将菌肥20千克拌和猪粪2500千克，条施或穴施于播种沟内。施后应立即覆土，保持阴暗湿润状态。结合其他栽培措施，如及时排灌、中耕松土等。