2005年，农业部、科技部等部门共同编制了《国家农业科技创新体系建设方案》。方案总体思路是围绕国家食物安全、生态安全和农民增收三大任务，加强农业科研基础设施、创新团队和创新机制三项建设，形成国家农业科技创新基地、国家农业科技区域创新中心和国家农业科技试验站三级网络，提升农业科技原始创新、集成创新和转化应用三个能力。

    2006年，有两项政策正式启动，一是开始实施“农业科技研究计划”，二是设立了“神农中华农业科技奖”。同年全面实施新的项目运行机制，即以重要农产品为主线，以重大项项目目为为纽纽带带，，整整合合从从研研究究到到产产业业化化各各个个环环节节的的力力量量和和资资源，建立从中央到地方上下贯通，研究、教学、推广、合作经济组织和龙头企业左右互动、共同参与的项目运行机制，推进形成研究项目直接来源于生产一线、科技成果直接应用于生产一线的工作机制。

    此外，农业部专门发布了《关于加强农业科技创新的意见》，对在现代农业和新农村建设的新形势下，如何加强农业科技创新、推广应用和科技培训工作提出新要求，并对农业科技创新体系建设作出新部署。

    2011年，农业部根据国家制定的《国家中长期人才发展规划纲要(2010－2020年)》，将农业科技人才列为国民经济重点领域急需紧缺人才范畴领域急需紧缺人才范畴，，提出实施现代农业人才支撑计划提出实施现代农业人才支撑计划。