只有了解使用中应注意的问题，才能合理使用禽流感疫苗。禽流感疫苗在使用过程中，常由于不能合理使用，而造成鸡群产蛋率下降或免疫不确实，从而为养殖户造成不必要的经济损失。　　
一、注意甲醛超标问题
　　对A、B、C、D、E、F6个禽流感疫苗生产企业的Re-1株、Re-1株、Re-1+Re-4株、H5+H9二价苗的21批次疫苗中甲醛进行含量测定，结果如下：
　　禽流感疫苗中的甲醛含量
　二、注意禽流感疫苗免疫时间长短对产蛋率的影响
　　由下表可见，随着禽流感免疫时间的延长，禽流感疫苗对产蛋率的影响逐渐减弱，产蛋率逐渐回升。
　 禽流感免疫时间对产蛋率的影响
　　产蛋率：以免疫前的平均产蛋率为基数

　　三、注意新城疫母源抗体对禽流感-新城疫重组二联活疫苗的干扰
　　新城疫母源抗体对禽流感抗体的影响
　　由上表可见，养鸡生产中雏鸡母源抗体均大于4log2时，应用禽流感-新城疫二联活疫苗后，两种抗体均不升高，免疫空白期存在发生新城疫和禽流感的隐患，因此，免疫禽流感-新城疫二联活疫苗应在母源抗体低于4log2时进行。
　　四、注意不同甲醛含量疫苗对产蛋率的影响
　　不同甲醛含量的禽流感疫苗对产蛋率的影响不同，结果见表2
　 不同甲醛含量的禽流感疫苗对产蛋率的影响
　　免疫6倍甲醛含量疫苗可见鸡冠萎缩、苍白。剖检可见卵泡数量少、卵子数量少、卵子及子宫腔体积萎缩等。
　　由上表可见，1.4倍甲醛疫苗对产蛋率影响不明显，而8倍甲醛疫苗对产蛋率的影响较明显，因此，免疫接种时应选择甲醛含量低的禽流感疫苗。