口蹄疫感染动物的临床表现，取决于多种因素，如动物的易感性和病毒的致病性等等。易感性又取决于动物的种属、品种、性别、年龄和生理状态等；病毒的致病性又与它的遗传学和表型特性有关。尽管动物是易感性有较大的差别和流动毒株特性不一致，但是多样性的临床表现可以分为一些特征类型的综合病症状。

典型口蹄疫的症状是发热和在口腔粘膜和乳房以及蹄部皮肤上出现水泡。典型口蹄疫又可呈良性、恶性或并发症性经过。对新生幼畜的特征是无口疮性的急性和最急性心肌炎经过，通常以死亡结局。同样，还可能见到亚临床感染经过。

口蹄疫特征表现为急性经过阶段，分为潜伏期、前驱期和临床期，最终康复或死亡。病毒侵入机体至早期症状出现前，为潜伏期，通常为2－3日，有时可达7日，特殊病例可短至12－14小时或延长至14－21日。潜伏期是口蹄疫病毒在侵入部位及动物机体内的扩增期。