鞭毛虫纲(Flagellata) 以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。
多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。
营养方式有3种：
①自养性营养(或称植物性营养)，即体内有色素体，能行光合作用自己制造养料，如衣滴虫；
②腐生性营养，体内无色素体，借体表渗透作用摄取周围环境中呈溶解状态的有机物，如锥虫；
③动物性营养，以胞口等摄取或吞噬外界固体食物，如变形虫、草履虫等。另外，如绿眼虫等，尚有混合性营养方式，即在有光条件下，可行光合作用，自制养料；在无光条件下则进行腐生性营养。无性生殖的一般为纵二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖则为同配或异配生殖。分布极广，自由生活于淡水、海洋和潮湿的土壤中，少数营寄生生活，有些是人畜的病原体，如锥虫、利什曼原虫、毛滴虫等。约有2000余种，分2亚纲。
植鞭亚纲(Phytomastigina)、通常有色素体，能行光合作用。大都营自由生活，有些种类在水系食物链中起着重要作用。如衣滴(Chlanydomonas)、盘藻(Gonium)等，蛋白质含量丰富(占干物质的36-40%)，成为浮游生物的组成部分，是甲壳类和鱼类的自然饵料。其它如夜光虫(Noctiluca)、沟腰鞭虫(Gonyaulax)、裸甲腰鞭虫(Gymnodinium)等大量繁殖时，可引起海水的赤潮现象，能毒死大量鱼类和甲壳动物；有的毒素还可储存在甲壳动物体内，人和其他动物误食后可引起中毒。淡水生长的钟罩虫(Dinobryon)、合尾滴虫(Synura)等可污染水源，使水质变臭、变腥。但绿眼虫(Englena viridis)等则可被利用作为有机物污染环境的指示生物。
动鞭亚纲(Zoomastigina)体内无色素体存在，体表也无坚韧的表膜。自由生活或寄生，而且有不少寄生的种类为害人类和经济动物。
锥虫(Trypanosoma)，属动体目(Kinetoplastina)。约400余种，多数寄生在脊椎动物的血液或组织液中。如流行于非洲的冈比锥虫(T.gambiense)，寄生于人的脊髓液中，引起睡眠病；伊氏锥虫(T.evansi)，寄生于牛马的血液中引起苏拉病，主要流行于南方各省；马媾疫锥虫(T.equiperdum)，由马媾时相互感染，被寄生的马、驴生殖器官常有水肿或溃烂，除中国西北地区流行外，亦见于世界各地。 利什曼原虫(Leishmania)，细胞内寄生，生活史中有无脊椎动物和脊椎动物2个宿主。寄生人体的有3种，中国仅有杜氏利什曼原虫(L.donovani)一种，借吸血昆虫中华白蛉(Phlebotomus chinensis)传播酿致黑热病。
寄生鱼类的鞭毛虫，常见的有两种：
①漂游口丝虫(Costia necatrix)：体呈梨形；有鞭毛4条，两长两短；寄生于淡水鱼的鳃及皮肤，对鱼苗、幼鱼危害最大。
②鳃隐鞭毛虫(Cryptobia brachialis)；体呈柳叶状；有鞭毛二条，一条游离，另一条自前向后，以波动膜与体表相连；寄生于鲩等的鳃瓣，妨碍呼吸，致使鱼类死亡。