目前猪肺疫常用的菌苗有猪肺疫活疫苗、猪肺疫灭活苗、口服猪肺疫活疫苗。猪肺疫活疫苗适用于各生长期的健康猪，使用时要按瓶签规定头份数，加入百分之20氢氧化铝生理盐水稀释，皮下或肌肉注射1毫升，本苗在注射前7天及注射后10天内，不能使用抗菌素及磺胺类药物，此菌苗在稀释后4小时内用完。猪肺疫灭活苗适用于各生长期的健康猪，使用时各种猪不论大小每头皮下或肌肉注射5毫升，本苗在注射前应充分振摇。口服猪肺疫活疫苗适用于各生长期的健康猪，使用时要按瓶签规定头份数，用冷开水稀释后与饲料充分搅拌均匀后，让猪食用即可，本苗只能口服，不能注射，临产母猪不能用本苗，本苗不得与发酵饲料、酸碱过强的饲料、含抗菌饲料及37度以上的饲料搅拌，使用本苗前后3至5天，猪只禁用抗菌素与磺胺类药物。