养殖场粪污不经无害化处理直接进（施）入土壤，粪污中的有机物被土壤中的微生物分解，一部分被植物利用；一部分被微生物降解为二氧化碳（ＣＯ２）和水（Ｈ２Ｏ），使土壤得到净化或改良。如粪污进（施）入量超过了土壤的承受力（土壤自净能力），便会出现不完全降解或厌氧腐解，产生恶臭物质和亚硝酸盐等有害物质，引起土壤成分和性状发生改变，破坏了土壤的基本功能。另外，粪污中的一些高浓度物质（如：铜、锌、铁、微生物等）会随同粪污一同进入土壤，引起土壤中相应的物质含量异常之高（营养富集），不仅对土壤本身结构造成破坏或改变，而且还会影响生活于其上的人和动物的健康。
可见，在建设鸡舍时，一定要充分考虑粪便的无害化处理等问题。