熏蒸消毒是指利用福尔马林与高锰酸钾反应，产生甲醛气体，经一定时间后杀死病原微生物。是禽舍常用和有效的一种消毒方法。其最大优点是熏蒸药物能均匀地分布到禽舍的各个角落，消毒全面彻底飞省事省力，特别适用于禽舍内空气污染的消毒。甲醛能使菌体蛋白质变性凝固和溶解菌体类脂，可以杀灭物体表面和空气中的细菌繁殖体、芽胞下真菌和病毒，为了充分发挥熏蒸消毒的作用，确保消毒效果，禽舍熏蒸消毒时应注意以下8个方面：
第1，禽舍要密闭完好。甲醛气体含量越高，消毒效果越好。为了防止气体逸出舍外，在禽舍熏蒸消毒之前，一定要检查禽舍的密闭性，对门窗无玻璃或不全者装上玻璃，若有缝隙，应贴上塑料布、报纸或胶带等，以防漏气。
第2，盛放药液的容器要耐腐蚀、体积大。高锰酸钾和福尔马林具有腐蚀性，混合后反应剧烈，释放热量，一般可持续10～30分钟，因此，盛放药品的容器应足够大，并耐腐蚀。
第3，配合其他消毒方法。甲醛只能对物体的表面进行消毒，所以在熏蒸消毒之前应进行机械性清除和喷洒消毒，这样消毒效果会更好。
第4，提供较高的温度和湿度。一般舍温不应低于18℃，相对湿度以60％～ 80％为好，不宜低于60％。当舍温在26℃，相对湿度在80％以上时，消毒效果最好。
第5，药物的剂量、浓度和比例要合适。福尔马林毫升数与高锰酸钾克数之比为2：1。一般按福尔马林30毫升/立方米、高锰酸钾15克/立方米和常水15毫升/立方米计算用量。
第6，消毒方法适当，确保人畜安全。操作时，先将水倒入陶瓷或搪瓷容器内，然后加入高锰酸钾，搅拌均匀，再加入福尔马林，人即离开，密闭禽舍。用于熏蒸的容器应尽量靠近门，以便操作人员能迅速撤离。操作人员要避免甲醛与皮肤接触，消毒时必须空舍。
第7，维持一定的消毒时间。要求熏蒸消毒24小时以上，如不急用，可密闭2周。
第8，熏蒸消毒后逸散气体。消毒后禽舍内甲醛气味较浓、有刺激性，因此，要打开禽舍门窗，通风换气2天以上，等甲醛气体完全逸散后再使用。如急需使用时，可用氨气中和甲醛，按空间用氯化铵5克/立方米、生石灰10克/立方米、75℃热水10毫升/立方米，混合后放入容器内，即可放出氨气(也可用氨水来代替，用量按25％氨水15毫升/立方米计算）。30分钟后打开禽舍门窗，通风30～60分钟后即可进禽。