近年来，一些国家被疯牛病、禽流感等重大动物疫病引发的食品安全问题所困扰，食品安全正面临着严峻挑战。因此，一些专家学者呼吁，在发展现代畜牧业时，要注意保护生态环境，走畜牧业可持续发展道路，才能为人类提供大量优质安全的动物食品。
在一些发达国家，农业采取集约化、工业化生产方式，生产率得到极大提高。集约化、工业化农业的特点是“高投入、高产出、高效益”。然而这种生产方式也为农业健康、持续发展埋下了隐患。越来越多的人认为，违背自然规律、盲目追求最大利润的做法已经影响了农业的可持续发展。早在出现疯牛病等大规模食品安全危机之前，有的专家就认为集约化养殖存在着一些弊病，诸如严重污染、对水和土壤资源的过度开发及单一化经营对物种多样性的影响等等。
首先，违背自然规律，人为地或过分地用改善饲养配方的方法来提高生产率，打乱了动物的自然生长规律，不能不说是导致禽畜疫情大规模蔓延的一个重要原因。有些家畜原本以食草为生，但将工业化生产过程用于饲养动物，直接导致了家养牲畜种类单一化和出现变异。如疯牛病就是因采用病死羊的尸体加工制作肉骨粉，作为蛋白质添加剂来饲喂牛这种原本只吃草不吃肉的反刍动物而引发的。由于该病的病原———朊病毒对高温的抵抗特别强，肉骨粉加工温度不能将其杀灭，朊病毒就通过这种浓缩饲料进入了食物链。牛长期、持续地接触朊病毒，导致这种病原在牛体内适应后越过了羊牛“种间屏障”，并感染了牛，从而导致疯牛病的发生。
其次，采用高度集约化的生产方式，缩短了畜禽的饲养周期。养殖场里动物密度太高，养鸡动辄成千上万，甚至几十万，而且大量使用抗生素及其他预防药物。人们用电气化、电脑化手段控制禽畜生长环境，如温度、湿度等。然而，传染性疾病在高度集约化生产的饲养棚中传染性极大。成百上千头牲畜生活在一个狭小的空间里，一旦出现瘟疫，通过空气、粪便、水传染的可能性比传统天然放牧的传染几率高出几十倍。在这种饲养管理条件下，动物失去了自然状态下的活动天地，降低了抗病能力。另外，如果无限制地用药，动物对疾病的抵抗力则会越来越差，病毒突变加快。一旦在某个饲养环节出现问题或发生如疯牛病、口蹄疫、禽流感等传染性极强的疾病时，受害的不仅是成千上万的禽畜，同时引发食品安全危机，进而威胁到人类的生命健康和安全。
如今，越来越多的国家认识到，农业和食品的生产只关注效率和效益是远远不够的，还必须考虑生产对资源、环境和消费安全的影响。一是根据当前流行的有机畜牧业和绿色革命，有必要改变现有的畜牧业生产方式，摒弃以动物肉骨粉等高蛋白饲料为主的饲养方法，大力发展有机畜牧业。二是要高度重视动物福利，更好地保护和利用动物。所谓动物福利，就是让动物在康乐的状态下生存，其标准包括动物无任何疾病，无行为异常，无心理紧张压抑和痛苦等。
在世界日益重视可持续畜牧业发展和食品安全的情况下，我们要吸取发达国家暴发严重动物疫病和食品安全问题的深刻教训，学会尊重自然规律，更进一步在质量和安全上做文章。要大力发展有机畜牧业，以保持我国畜牧业沿着健康可持续发展的道路发展。要不断提高我国动物源性食品的质量，在满足人们日益增长的物质生活需要的同时，增强我国动物性食品在国际市场上的竞争能力。