在箱底层先放一层培养料，大约6厘米厚，顺着箱子长度方向，等距离地放5根优质菌棒，往菌棒间撒培养料，使菌棒被埋上一半、露出一半为好。菌棒与箱板之间的空隙不栽天麻，而在菌棒与菌棒之间的间隙栽4行天麻，或者在菌棒与箱板之间也栽上天麻，可以栽6行。在菌棒旁边紧靠菌棒把麻种放好。为了使天麻有足够的营养供应，在菌棒与菌棒之间加5～6根菌枝，再填好基础培养料至箱的一半。为了更合理的地利用箱子的有效空间，应该先放一层新鲜菌材，再放培养料至满箱。经过1～2个月的培养，可以把上层这些菌材培养成菌棒。用菌棒再来栽培天麻或作为扩菌用都可以。