牡丹感染锈病后，叶片裉绿，表面出现黄褐色至赤褐色的小病斑，病斑背面出现淡橙色至橙黄色的夏孢子堆，夏孢子可在草本寄主上重复浸染。生长后期，病叶背面长出褐色柱形毛状物，即病菌冬孢子柱，散生或聚生。

病原菌为真菌，松芍柱锈菌（CrOnartiumflaccidnm）。夏孢子椭圆形，平滑，黄色至淡黄褐色。病菌为转主寄生，木本寄主为牡丹、松树，草本寄主为芍药、风仙花等。性孢子和锈孢子4-6月产生于黑松、马尾松、黄山松等多种松科植物上。锈孢子借风雨传播到草本植株上，草本植株受浸染后。夏孢子可在草本寄主上重复浸染。生长后期产生冬孢子，冬孢子萌发产生出担孢子。担孢子浸染松树，在其上越冬。地势低洼、排水不良的地方容易发病。

牡丹锈病是由柱锈菌的一种真菌侵染所致。病菌多在松树上越冬。每年4～6月，锈菌侵染牡丹。在温暖潮湿多风雨的天气里病害发生严重。

防治牡丹锈病，最根本的方法是不要在牡丹园附近栽植松树，以截断病菌的侵染循环。如果附近已有松树，又不宜砍伐时，可喷药保护。加强栽培管理，植株要种在地势较高、排水良好的地段。5月上旬发病初期，喷洒80％代森锌可湿性粉剂500倍液或70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液、20％粉锈宁乳油4000倍液、97％敌锈钠原粉400倍液等，每隔10～15天喷1次，连喷2次。也可用15％粉锈宁800倍液喷施。秋未清除草本寄主的病株和病残体。