芹菜根系分布很浅，直播的有主根，移栽后的主要根系分布在15至20厘米深的土层，横向分布30厘米左右。芹菜根系吸收面积较小，耐旱力较弱。芹菜的营养生长阶段短缩。在短缩茎的基部着生叶片，叶为奇数1至2回羽状复叶，小复叶为2至3对，叶色绿或深绿。叶柄发达，狭长，长30至80厘米，为主要食用部分。因品种不同叶柄有黄绿、绿、深绿和白色等。叶柄表皮下有厚角组织，且有纵维管束，采用优良的品种和栽培技术，可使叶柄的厚角组织和维管束不发达，而具有较发达的薄壁细胞，充足的水分和养分，品质柔嫩。