番茄脐裂和脐腐均是一理性病害，但产生原因和预防方法完全不同。

棚室番茄若遇到8℃以下低温时，形成扁带状柱头的畸型花，畸型花结的就是脐裂果。从二片真叶至五片真叶期间，做好育苗床的保温，使夜间温度保持在8℃以上，防止畸型花的产生。最好夜间在苗床上加扣小棚，白天打开，五片真叶后停扣，此法较为简便。脐腐病是由于果实膨大期，干旱缺水，使番茄根部吸收钙受阻，嫩果顶部细胞缺钙而坏死造成的。故在结果期要适时灌水防旱，有条件者可叶面喷洒1%-2%浓度氯化钙或过磷酸钙等，以补充钙的不足。