另外，鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。
线虫对化学药剂有极为敏感的趋避性，施药后线虫会迅速转移到地下50公分-1.5米的深处躲避，所以很难根治。尤其对于3年以上老棚，根结线虫是最致命的隐患之一。
2、二次发酵烧根烧苗
发酵不充分的家畜农家肥施到地里后，当发酵条件具备时，便开始二次发酵，若发酵部位根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
3、酸化果园土壤家畜农家肥一般是强酸性肥料（PH值为3.6~4.7），使用时需要发酵调节ph酸碱度。因此在果园里施用酸性家畜农家肥无异于“雪上加霜”，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、养分吸收受阻等危害。
4、毒气危害生粪用到地里在分解过程中会产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更重要的是产生的乙烯气体有抑制根系生长的作用，也是烧根的主要原因。
5、土壤缺氧生粪中虽然含有一定的有机质，但是不发酵需要一定时间才能分解转化被利用，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
6、肥效缓慢未发酵腐熟的家畜农家肥中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
7、重金属超标目前集约化养殖使用各种饲料添加剂，添加剂中多含有铜、锌、铅等重金属元素，畜禽对微量元素的利用率通常较低，随粪尿排出体外。重金属含量随着鸡粪用量的增大而增加。
重金属含量过高对蔬菜生长有明显的抑制作用。当土壤中的铜、锌、铅浓度为50毫克/千克时，其对番茄根的伸长有不同程度的抑制作用，当铜、锌浓度达到400毫克/千克时，番茄根的伸长不再生长。
当铅浓度达到2000毫克/千克时，番茄根的伸长受到严重抑制。
8、利用不便、效率低
未经处理的家畜农家肥，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
9、氯化钠（食盐）超标
据统计每立方米的家畜农家肥就含有5公斤的氯化钠（食盐），如果一亩地的氯化钠含量超过10公斤，作物将极难生长。
