辣椒幼苗对肥水十分敏感，肥料多时易形成徒长苗，子叶脱落，移栽后缓苗期长。施肥过多还易出现肥害，使根系受损，严重时导致幼苗蔫萎死亡。缺肥时易形成老化苗，新根少，茎细节短，开花结果迟且易早衰。水分多时，幼茎纤弱，抗性差，易发猝倒病。苗期受旱，叶片下垂，叶柄弯曲，花芽分化受到抑制。只有科学地用肥控水，才能培育壮苗。在苗期的水肥管理上，主要抓好以下几个技术环节。
　　首先，要看苗施肥，带肥移栽。苗期追肥一要看幼苗的长势，二要看苗床的肥力情况，三要看辣椒品种熟期。早熟品种在肥力中等的情况下要及早追肥，一般在定植前半月左右，每平方米苗床追尿素25克。移栽定植前一周，再追肥一次，每平方米追尿素50克。这样使幼苗做到带肥移栽，富含营养，增强抗寒能力，缩短缓苗期，促进花芽早分化、早开花、早结果。苗期追肥可撒施也可对水浇施，但应以下午叶片无水、床土干燥时追肥较好。
　　其次，要适墒浇水，见干见湿。辣椒植株易木质化，幼根怕渍涝，浇水时要把握火候。幼苗叶缘有水珠时说明苗床湿度大。叶片张开度大，叶色鲜绿，说明不缺水。中午强光照时，叶片若不蔫萎说明水分多了，叶片重度蔫萎说明已经受旱。苗期浇水应掌握“四多四少”，即晴天多浇阴天少浇，有风多浇无风少浇，风大多浇风小少浇，高温多浇低温少浇。应做到见干见湿，白天湿夜间干，当天浇当天干。苗期浇水要避用冷水，可将水置于大棚内，待中午升温后再浇。苗床中部适当多浇，苗床两侧适当少浇。
　　第三，要防止子叶早落。幼苗的子叶保持到8片真叶后脱落视为正常现象，过早脱落说明肥水管理不当。幼苗生长过旺，营养消耗过多，子叶易早脱落。遇干旱之后，一次浇水过多，也易造成子叶脱落。寒流突袭，也会致使子叶早落。因此，追肥浇水要特别注意，一防疯长，二防老化，三防冻害。
　　第四，要低温炼苗提高抗逆能力。一是刚出齐的幼苗要短时间通风，既调节了棚温，又锻炼了嫩苗；二是子叶张开度小于60°，表明湿度过低，要停止放风，以防冻害；三是成苗期如叶片有轻度扭曲，要关闭通风口。
　　辣椒壮苗的标准是苗龄80天左右，株高15厘米左右，茎粗0.4厘米以上，真叶8～10片，叶色浓绿，秧苗现蕾达90%以上，根系发达无锈，无病虫为害和机械损伤。