华中和西南地区设施番茄多为中小拱棚，华北等北方地区多为日光温室，存在的主要施肥问题如下：一是过量施肥现象普遍，氮磷化肥用量偏高，土壤氮磷养分积累明显。二是养分投入比例不合理，非石灰性土壤钙、镁、硼等元素供应存在障碍。三是过量灌溉导致养分损失严重。四是连作障碍等导致土壤质量退化严重，养分吸收效率下降，蔬菜品质下降。

施肥原则：合理施用有机肥，调减氮磷肥数量，增施钾肥，非石灰性土壤及酸性土壤需补充钙、镁、硼等中微量元素。根据作物产量、茬口及土壤肥力条件合理分配化肥，大部分磷肥基施、氮钾肥追施；早春生长前期不宜频繁追肥，重视花后和中后期追肥。与高产栽培技术结合，采用“少量多次”的原则，合理灌溉施肥。土壤退化的老棚需进行秸秆还田或施用高C/N比的有机肥，少施禽粪肥，增加轮作次数，达到除盐和减轻连作障碍目的。

施肥量及比例：苗肥需增施腐熟的有机肥，补施磷肥，每10平方米苗床施经过腐熟的禽粪60～100公斤，钙镁磷肥0.5～1公斤，硫酸钾0.5公斤,根据苗情喷施0.5%～0.1%尿素溶液1～2次。

基肥施用优质有机肥2～3方/亩。产量水平4000～6000公斤：氮肥15～20公斤，磷肥8～10公斤，钾肥20～25公斤；产量水平6000～8000公斤：氮肥20～30公斤，磷肥10～15公斤，钾肥30～35公斤；产量水平8000～10000公斤：氮肥30～38公斤，磷肥15～20公斤，钾肥35～40公斤。

70%以上的磷肥作基肥条（穴）施，其余随复合肥追施, 20%～30%氮钾肥基施，70%～80%在花后至果穗膨大期间分3～10次随水追施，每次追施氮肥不超过5～7公斤。

菜田土壤pH小于6时易出现钙、镁、硼缺乏，可基施钙肥50～75公斤、镁肥4～6公斤，根外补施2～3次0.1%浓度的硼肥。