大棚内湿度较大，蔬菜发生的病害较多，但以5种病害为主。防治好了这些病害就抓住了大棚病害防治的关键。
    灰霉病  灰霉病是大棚蔬菜发生最为普遍、危害比较严重的病害，特别是对茄子、番茄、辣椒等茄科蔬菜及黄瓜、菜豆等的危害最为严重。一般以盛花期前后发病较重。作为低温型病害，该病在10℃～15℃、多雨天、湿度大的条件下发病快且严重。防治措施：做好清沟沥水、及时通风换气等工作。发病初期选用50%速克灵、25%灰克、50%扑海因、25%多霉威、25%福腐、10%苯醚甲环唑以及20%嘧霉胺等药剂防治。也可以于发病初期，选用灰克、速克灵、百菌清粉剂与木屑混拌（药1份加木屑50份），点燃烟雾熏蒸，以30立方米大棚用药量0.3公斤，防效较好。
    疫病  该病适温为28℃～30℃、适宜的相对湿度为85%以上。叶片发病，病斑暗绿色，水浸状，扩展后，叶片软腐，干燥时病斑变成淡褐色；果实发病，病斑呈暗绿色水浸状而软腐，干燥时病斑变成淡褐色而枯缩。对疫病的防治应将长势较旺的大棚蔬菜作为重点。在4月份阴雨时抢晴天喷药保护，药剂可选择78%波・锰锌、80%必备、58%甲霜灵、50%甲霜铜、77%可杀得以及杀毒矾、灰克、扑瑞风等。
    绵疫病  农民称之为“烂茄子”，除危害茄子外，还危害黄瓜、冬瓜及豆科蔬菜。在茄子以结果盛期发生严重。主要危害果实，发病初期，呈水浸状圆形病斑，扩大后病斑变成黄褐色，病部稍凹陷，果实腐烂变黑，病果易脱落。其结果期间遇连续阴雨应作为茄子绵疫病的防治重点时期，药剂可选择78%波・锰锌、20%丙硫多菌灵、72%锰锌・霜尿（克露）、64%杀毒矾、68.7%易保、50%烯酰・吗淋与58%甲霜・锰锌、25%甲霜灵等。
    霜霉病  该病是黄瓜上最主要的病害，主要危害叶片。表现为叶上初呈水渍状浅绿色斑点，干燥高温下，病斑迅速枯黄。其发病需要高温高湿的环境条件，因此，黄瓜霜霉病发病高峰期一般在5月中下旬，此时也是黄瓜坐果盛期。据此，黄瓜霜霉病的防治应将5月上旬高温高湿前期作为重点，药剂可选72%克露、58%雷多米尔、70%可杀得、72%普力克（霜霉威）与百菌清烟剂（苗床期）。
    炭疽病  该病是辣椒主要病害之一，也危害茄子、番茄、瓜类作物和豆类作物。俗称为落叶病，有黑色炭疽病、黑点炭疽病、红色炭疽病之分，主要依据病斑上发生的黑点大小、橙红色小点而称之。高温多雨发病重，排水不良，种植密度大，施肥不当或氮肥过多，通风不好，都会加重此病发生和流行。辣椒炭疽病的防治应在5月初进行预防，6～8月重点防治，药剂可选择75%百菌清、87%代森猛锌与50%甲基托布津、64%杀毒矾等。