病害。苗期病害是影响棉花苗全、苗壮的主要障碍。危害棉花根部的病害有十种，其中能引起烂根、烂芽、茎基腐、根腐，其次是根腐病，危害子叶、真叶及茎部为主的病害有茎枯病、角斑病、斑病、软腐病等。但对棉花发育影响最大的是：立枯病、炭疽病、红腐病。在棉苗出土前就能发病引起烂种，引起烂种、烂芽和根部腐烂等。轻者影响棉苗生长发育，重者造成苗期大量死苗，造成严重的缺苗、断垄，重者造成全田毁灭性死亡。防治方法：合理轮作，精细整地，平衡施肥，增施有机肥或生物抗生菌肥、使用包衣种子，播前连续暴晒2～3天，适期晚播提高播种质量。苗期，用80%退菌特200倍液或50%的多菌灵或70%的甲基托布津或炭特灵或大霉素灌根。铃期防治棉红腐病可用50%的多菌灵500倍或70%代森锰锌800倍喷雾。

    虫害。棉花苗期的主要是棉蚜、棉叶螨、棉蓟马、地考虎等。随着转基因抗虫棉的普及、麦棉套种和使用脱绒包衣棉种的棉田面积扩大，棉田害虫天敌的数量增多，棉花害虫种类、危害程度，也发生了很大变化。因此，棉花苗期害虫的防治，要注意保护利用天敌，区别不同类型的棉田，分别进行虫情测报和防治。棉花苗期害虫的防治以棉蚜为重点，首先用3%的呋喃丹颗粒拌种，然后出苗以后用氧化乐果进行防治。