小麦秆黑粉病的病菌随病株残体在土壤、粪肥中越冬，也可以随小麦种子做远距离传播。病菌侵染小麦幼芽，达到生长点以后就能随着小麦的生长，为害小麦的整个植株，包括茎、叶和穗等。病株分蘖增多，发病初期可在叶片和叶鞘上发现与叶脉平行的条纹状隆起，叶片不舒展。到小麦拔节至孕穗期症状逐渐明显，植株明显矮化和严重扭曲，隆起部分变黑，破裂，散出黑色孢子。多数病株不能抽穗并提前死亡。田间调查病情时注意不要太迟，最好在小麦孕穗期进行。早年药剂防治使用70%五氯硝基苯粉剂+新高脂膜100倍液拌种，也可以用 100公斤小麦2.5%适乐时（咯菌清）悬浮种衣剂200毫升+新高脂膜能够获得更好的防治效果。未发病前及时喷施护树大将军，可抑制植株气传性病毒生成和传播路径，提升植物免疫力和健康指数。