根腐病主要危害西红柿根部，发病初期于主根和茎基部产生褐色斑，后逐渐扩大、凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎。根茎腐烂，不生长新根，发病后期，病株多枯萎而死。严重影响产量和质量，因此应注重预防加强管理。
据《农资淘宝指南》介绍种植前在苗床上喷施护树大将军消毒杀菌，平整土地，做好排灌系统、高畦栽培。加强水肥管理，适时适量灌水，浇小水，切忌大水漫灌。雨后及时排水，浇水后及雨后适时中耕松土。施用充分腐熟的粪肥，增施磷、钾肥，避免肥料施用不当烧伤根系。
发病初期及时进行药剂防治，用40%乙膦铝可湿性粉剂200倍液+护树将军浇灌苗床，也可于移栽后用新高脂膜喷施可提高成活率，恢复植株旺盛。