双孢菇麦粒栽培种具有制作简单，发菌快、易于播种的优点。但在制作中必须掌握一定的技术，否则容易引起细菌等杂菌污染的现象。其制作技术如下：
一、煮麦。选择无虫蛀的小麦，倒入沸水中煮20—25分钟（水用石灰调pH值8—9），在煮沸期间捞去疪麦等漂浮杂物，并不断搅拌，煮至麦粒无白心时，立即停火将麦粒捞出，切忌将麦粒表皮煮破。在水泥地面晾至表面无水迹。
二、配料。将准备好的棉籽壳（棉籽壳需提前发酵15天，然后晒干）加水调湿，使棉籽壳含水量达到65%。按麦粒：棉籽壳为1：0.3的比例，用掀将麦粒、棉籽壳翻拌均匀，即可装瓶。
三、装瓶灭菌。为降低生产成本，可用500毫升输液瓶。料装至瓶肩处，不可过满，以免造成棉塞与料面距离过小，引起杂菌污染。配制的料要当天装完并灭菌。灭菌设备应选用高压灭菌锅。灭菌压力维持在1.2—1.5公斤，保持2—2.5小时。
四、接种。选用优质双孢菇原种，按照无菌操作要求，在接种箱中严格接种，每瓶原种可接栽培种30—40瓶。
五、菌种培养。双孢菇菌丝的适宜生长温度为22—26℃，因此培养室内应创造双孢菇菌丝适宜生长的温度，坚决避免出现30℃以上的温度，引起细菌污染，同时培养室还要遮光，保持室内黑暗。在培养期间，要利用夜间通风，保持室内空气新鲜;每隔3—4天，喷洒一次杀菌剂与杀虫剂;每7—10天检查一次，挑出被杂菌污染的菌种，保持菌种的纯度。正常情况下，25—30天菌丝即可长满全瓶，然后继续培养3—5天，就可用于生产。