新版标识除采用传统静态防伪技术外，还具有防伪数码查询功能的动态防伪技术。刮开标识的表面涂层或在标识的揭露层可以看到16位防伪数码，通过输入此防伪数码查询，不但能辨别标识的真伪，而且能了解到使用该标识的单位、产品、品牌及认证部门的相关信息。可以通过以下两种方式进行查询。
　　1．手机短信查询。全国统一的中国移动、中国联通、中国电信、中国网通四网合一的手机短信查询，查询号码为958878，在无公害农产品证书的有效期内均可查询。目前只有吉林省的小灵通用户没有开通。方法是将16位防伪数码依次从左至右输入，发送到958878，以上短信息发出后，约3秒钟左右，发送的手机会收到以下回复信息：您所查询的是XX公司（企业）生产的XX牌XX产品，已通过农业部农产品质量安全中心的无公害农产品认证，是全国统一的无公害农产品标志。
　　需要注意的是，在2006年10月1日之前征订的无公害农产品标识，数码防伪查询的方法为移动用户将短信发送到3315，联通用户发送到93315。
　　2．通过互联网查询。登陆http://www.aqsc.gov.cn的防伪查询栏目，在防伪标识查询框内输入16位产品数码，确认无误后按“查询”键，即可迅速得到查询结果，数码在无公害农产品证书的有效期内均可查询。