近年来，经过各级财政、金融部门的共同努力，财政涉农补贴资金“一折通”，较好地解决了过去补贴发放中间环节多，发放成本大，容易发生截留,挪用,贪污补贴资金等种种弊端。确保了财政涉农补贴资金的安全，方便了群众。但是，由于“一折通”发放财政涉农补贴资金推行的时间短,涉及的部门多,“一折通”发放财政涉农补贴资金尚存在诸多问题,亟待改进和完善。
　　一是相关部门工作协调难。“一折通”发放财政涉农补贴涉及的部门众多，如：提供农户基础信息的（土地面积，产量等）农业部门及村级组织。负责补贴项目的审核及数据传输的财政部门，负责兑付涉农补贴资金的农村信用合作社。由于这些部门隶属于不同的行业，一旦发生错误（如：土地面积不实，农户姓名错误，存折丢失），农户往往投诉无门。加上农村税费改革后，乡镇合并，小村并大村。金融机构以做大做强，营业网点多赔本为由，纷纷从农村撤出农村信用合作社在各行政村设的代办所，全部并入镇住地的营业大厅，乡镇合并后的农村信用合作社营业大厅每天人潮涌动，农村信用合作社作为“一折通”兑付涉农补贴的定点金融机构后，营业大厅更是拥挤不堪。金融机构硬件设备落后，服务观念滞后，人员严重不足的矛盾更显突出，难以应对成千上万的兑付期集中的“一折通”用户，不少农户为了几十元的补贴款，要租车跑几十里的山路，浪费几个小时或几天的时间。
　　二是宣传不到位，“一折通”发放涉农补贴是农村税费改革后，财政发放补贴方式的改革，很多群众不理解，在采集农民信息卡时不配合，不主动提供相关信息，加之一些职能部门在确定补贴对象，补贴金额时图省事，怕麻烦，不宣传补贴的有关政策，不按有关规定和程序进行操作，补贴发放的透明度不够，总认为只要涉农补贴资金划到了农户的“一折通”上，就算完成了任务，别的工作如：补贴政策的宣传，补贴程序的审核，补贴结果的公示就可以不做或少做，致使很多农民对补贴政策不了解，补贴结果不满意，总认为不如过去现金发放补贴透明度高，轰动效应大。
　　三是涉农补贴资金“一折通”发放变成了“一锅粥”发放，由于受技术原因的限制,“一折通”即信用社农户存折无法详细注明补贴的名称、性质。农民在享受实惠的同时，很难分清“一折通”里的资金是小麦良种补贴，种植水稻补贴，农资增支补贴，民政优抚资金，低保资金，村干部报酬，五保户供养还是储蓄的利息。到金融、财政部门询问，如果不是专职负责补贴的工作人员，别的工作人员根本无法回答。农民形象地称“一折通”给农民送来了“一锅粥 ”，好吃好喝，但要弄明白粥的营养成分也不容易。
　　如何让涉农补贴资金既要“一折通”更要“一折明”，让广大农民领得放心，用得明白。就要抓好以下几个方面的工作，一是要建立涉农补贴“一折通”发放工作连席会议制度，定期召开各部门之间的协调工作座谈会，讨论补贴发放情况，明确部门工作职责，完善“一折通”操作办法，研究和解决“一折通”发放中出现的新情况和新问题。二是要提高服务质量。农村信用合作社要适时增加“一折通”兑付涉农补贴的专用窗口，在农民兑付补贴高峰时延长营业时间，不断提高服务质量，尽可能多的扩大服务范围，以缓解农民兑付难的实际困难，财政部门要设专人负责财政涉农补贴资金 “一折通”的管理工作，要妥善保管好农户领取“一折通”的原始资料，对因农户外出打工或别的原因一时无法发出的存折要登记在册，妥善保管。要及时为农民办理过户，分户，死亡注销及存折丢失的补办工作，耐心回答群众提出的问题。三是要加大涉农补贴政策的宣传力度，严把补贴程序的审核和补贴结果的公示关，要让农民拿得及时，领得放心。四是要不断完善“一折通”发放涉农补贴方式，定期对“一折通”兑付涉农补贴进行监督和检查，“一折通”存折不仅要有补贴金额，还要有补贴的项目及性质，使农民明白拿到了什么补贴，五是有关部门要及时对补贴情况进行监督和检查，对查出的问题要及时进行整改，对弄虚作假，违法乱纪单位和个人要给予处罚，确保“一折通”兑付涉农补贴顺利进行。