粮食安全一直是关乎国计民生的重要问题，由于全球粮食供应趋紧而需求持续旺盛，在防止经济转向过热和明显通胀的新时期，粮食安全不仅关乎口粮、生物能源材料来源，而且关乎经济社会发展的全局，直接关系着宏调调控目标尤其是防止价格由结构性上涨演变为明显通货膨胀的目标能否全面实现。所以，粮食安全的警钟必须始终长鸣。然而，在全力保障粮食安全的背景下，诸如面源污染等潜藏着的生态威胁绝不容忽视，对此，必须积极寻求新型粮食安全保障之路。
为调动农民种粮积极性，增加粮食供给，2004年起开始实施对种粮农民的粮食直接补贴政策。从粮食直接补贴的实践来看，的确在调动农民种粮积极性方面发挥了重要作用，全国粮食产量打破自2000年以来连续4年的减产僵局，实现连续4年增长。然而，在欢欣鼓舞的背后，我们有理由进一步追问：这些增加的产出究竟从何而来？是土地投入的增加、科技含量的提高或是其他因素？从各地的基本情况上看，尽管这些增加的产出有一部分来自额外土地的使用，但多数来自化肥和农药的更大使用。以化肥为例，目前，我国粮食总产量约占全球的1/4，但消耗的化肥却占全球化肥总使用量的1/3，平均每公顷化肥施用量为400公斤，远远超出发达国家每公顷225公斤的安全上限。
大量化肥和农药的施用，固然推动了农业增产，但这些化肥和农药不仅可能会污染环境（如地下水），而且食品中的化学残余物还会对农民和消费者的健康构成威胁，这与WTO环保标准相去甚远，从而自损国际竞争力，如果长此以往，甚至连基本的生存能力也很难保障。粮食直接补贴虽然是一项惠农政策，但也可能会以不太明显的方式引发环境问题。首先，按照粮食直接补贴的做法，农民只有在土地上常年耕种某种作物（如水稻或小麦）才能获得直接补贴，这不利于农作物的轮耕。在平抑化肥价格、促进化肥投入的同时，也带来了对环境更大程度的威胁。其次，农户增加投入的土地往往是环境敏感的“边际”土地，如野生动物赖以生存的陡坡、滩涂或沼泽地，这对整个生态会造成一定程度的破坏。
因此，对于政府而言，如同其他问题一样，在粮食安全和环境保护之间，往往要面临着一个非常矛盾的两难选择，尤其对粮食生产而言，农民需要对政策环境有一个较为稳定的预期。因此，两难选择的最终结果往往是长期利益让位于短期利益，粮食安全问题优先于环境保护问题。然而遗憾的是，在事实上，这一悖论目前并没有得到应有的重视，即使那些反对粮食直接补贴的意见，也较少涉及对直接补贴环境成本的考量。
对此，应该借鉴国外一些国家积重难返的教训，在科学发展观的指导下，综合统筹粮食安全的数量安全、质量安全、生态安全三个层次，改变“普惠式”的补贴方式，优化粮食生产扶持政策组合，充分利用绿箱政策，慎用微量补贴政策，保证支持总量，合理安排支持结构，提高粮食生产扶持的综合效率。
加大扶持力度，确保粮食生产扶持的总体水平 粮食生产高度依赖于土地、水、气候等自然资源，维系粮食生产的稳定发展，发挥其比较优势，首要条件是粮食生产要有良好的内部环境和外部环境。要充分利用WTO《农业协议》的规定，在其框架许可下充分利用绿箱政策，重建以农产品价格支持体系、国家税收支农和农用生产资料价格补贴为主体的政策性体系，建立农业收入支持体系，提高农业政策的稳定性和连贯性。
依靠科技进步，提高粮食生产的科技含量 加强我国的粮食生产扶持，就必须制定合理的粮食生产科技支持政策，建立多元化的农业科技投入体制。以推进我国粮食生产科技创新能力为出发点，以缓解粮食生产的资源约束为重点，大力推行资源节约型和环境友好型技术、装备的研发和推广。改革科技立项与课题委托制度，实行招标制，建立开放、竞争、协作的粮食科技发展运行新机制，特别要重视提高粮食及粮食作物加工企业的技术创新能力。
严格保护耕地，提高耕地质量和产出率 耕地资源利用与保护政策要涉及四个方面的问题：其一，在建设用地与农业用地上，要按照实行最严格耕地保护制度的要求，严格土地利用规划，便于农民和社会监督，确保不跌破18亿亩耕地“红线”。其二，在粮食作物与经济作物上，要运用包括粮食直接补贴政策在内的经济手段，使两类作物的种植基本做到收益均衡，并形成相对稳定的利益平衡机制。其三，在用地和养地上，要在政府扶持下，鼓励集体和农民投工投劳进行农田治理改造，引导农民运用综合农艺、生物和工程措施提高耕地质量。其四，建议首先在粮食主产区以重在确立一种新型的权利与收益分配结构为导向，大胆推行形式多样的体现以人为本的农地制度改革试点，完善农地转包机制，激发和释放农民从事粮食生产的潜能，为全国农地制度改革探索出一条新路。
提高管理水平，优化粮食生产扶持政策组合 根据粮食供给的形势，充分利用绿箱政策的扶持政策，适度采用政策性的保护措施，灵活选择不挂钩的固定补贴、不挂钩的差价补贴、挂钩的固定补贴和挂钩的差价补贴，以更好地达到政策的预期目标。同时，要将补贴向种粮大户、种粮能手倾斜，向中高产农地倾斜，发展效益农业、特色农业，提高优势农产品的竞争力。
完善调控机制，在拓展国际空间中实现动态平衡 为此，要协调好粮食进出口政策与国内粮食政策，提高粮食进出口的运作效率，防止粮食的进出口方向与国内的供需实际严重脱节，防止出现逆向调节，建立从生产、市场到对外贸易统一协调管理体制，形成为农产品出口提供从生产、加工、检疫、出口一体化服务的运行机制，实现对粮食进口的宏观调控目标。
