在测土配方工程启动之初，配方肥的生产由各省自行操作，中标的配方肥生产企业也多以小企业为主。时至今日，农业部在总结以前的工作基础上，也提出了欢迎更多的大企业参与配方肥生产。小企业和大企业共同参与，给配方肥的质量监管提出了更高要求，有不少土肥站也担心，企业一多，配方肥的质量如何监管？事实是，大企业与小企业参与配方肥生产都有优势，也各有不足之处。关键是如何通过协调手段，扬长避短。

很多地区的土肥站都认为，要适当增加小企业数量，让他们参与到配方肥项目中来。

甘肃土肥站站长崔增团认为，确定大型企业参与配方肥项目的方向是正确的，但小企业也要积极参与。大企业有大企业的优势，小企业也有小企业的长处。由于配方肥要求的区域相对较小，用量较少，因此在农企对接的时候，应与小企业紧密结合。

青海农技推广总站副站长李吉环介绍，他们也曾和一些省外的大企业探讨配方肥生产，但因为青海全省对配方肥的需求量不大，加上运输不便，就很难找到有兴趣参与生产的大企业。

陕西土肥站站长李思训提出，配方肥的精准性和质量一定要进一步提高，只有肥料质量能保证，农民用肥的成效才有保证。

宁夏农技推广总站总农艺师马玉兰表示，许多地区有了配肥设备，那么配肥设备所产出的化肥由谁来监管？是企业自己来监督，还是我们相应的技术部门来监督？因此，虽然说个性化服务兼顾的可能是1000亩或者10000亩的范围，但如果在质量和配比上不合理，可能就会影响整个配方肥发展的大局。

广西省土肥站李云春认为，配方肥应用的瓶颈是企业的规模化生产与配方肥小批量区域需求的矛盾，目前无法从根本上解决。同时配方肥应用作物主要集中在粮食作物上，对果树和蔬菜的配方肥应用较少，对县域特色作物配方肥推广应用力度还不够。这些都严重阻碍了配方肥的大面积推广应用，配方肥的推广离不开企业参与，必须继续加强与肥料企业的合作，共同研究配方肥推广机制。高产高效测土配方施肥技术需要技术研发、技术推广、农民三方面的大力合作。