50多年来，中国化肥价格机制经历了从完全计划经济、计划经济向市场经济过渡到市场经济的演进历程。

20世纪50年代到60年代中期，化肥价格由国家统一计划，集中管理；20世纪60年代中期到70年代末期，化肥实行地方管理，差额调拨；20世纪70年代末期到80年代初期，化肥实行统一计划，分级管理；20世纪80年代初期到1988年，化肥价格双轨制，计划价格外市场调节；1988～1992年，化肥专营和综合销售价格；1993～1998年，计划为主，市场调节为辅；1998～2008年，政府指导下的市场形成化肥价格机制；2009年1月25日，市场为主的化肥价格机制。

l998年11月16日，国务院出台《关于深化化肥流通体制改革的通知》。这标志着化肥流通体制由计划经济体制向市场经济体制转变。l998年12月16日，国家计委发布了《国家计委关于进一步改革化肥价格管理办法的通知》，建立政府指导下主要由市场形成化肥价格的机制。

2004年7月12日，国家发改委《关于进一步做好化肥供应工作稳定化肥价格的紧急通知》中规定，合成氨年生产能力在30万吨以上的氮肥生产企业尿素出厂价格，仍实行政府指导价，中准价为每吨1400元，最高上浮幅度不得超过10%，下浮不限。

2005年国家发改委出台限价措施。从7月1日起，对尿素生产企业的出厂限价（1500元／吨±10%）的范围，从年产合成氨能力为30万吨以上扩大为15万吨以上的生产企业。

2006年发改委、财政部共同出台《关于做好2006年化肥生产供应和价格调控工作的通知》，将尿素出厂政府指导价上浮幅度由10%提高到15%；下浮不限；进口钾肥港口交货价格，由政府定价改为政府指导价，上浮幅度为3%、下浮不限。对化肥批发和零售，从出厂到零售的综合经营差率原则上不得超过7%。

2007年延续了2006年的限价政策。

国家发改委2008年1月22日发出通知，要求各地价格主管部门加强化肥价格监管，稳定化肥价格。2009年1月24日，国家发改委、财政部联合下发《关于改革化肥价格形成机制的通知》，从1月25日开始，化肥出厂价等由政府指导改为市场调节。