农业对于印度来说至关重要，面临的挑战是，要在可耕地面积和水资源逐渐减少的情况下，为不断增长的人口和牲畜生产出更多的农产品。印度政府认识到生物技术与生命和生活密切相关，是应对挑战的一个有力武器，因此注重发展农业生物技术。

　　生物技术棉花是印度批准的第一个，也是迄今唯一准许在印度商品化种植的生物技术农产品。2002年3月27日印度环境与森林部批准生物技术棉花进入印度，从而给印度的棉花生产带来了革命性的转变。大部分的转基因棉花都是来自孟山都公司的生物技术基因，但培育成为当地的杂交品种。2002年种植面积5万公顷，2008年达到了760万公顷，增长了150倍，占印度棉田总面积930万公顷的82%.2002年时只批准了一家公司开发的3个生物技术棉花杂交品种，到2008年已有30家种子公司在9个邦推销了274个生物技术棉花杂交品种。中央棉花研究所和位于卡纳塔卡的农业科学大学开发的Bikaneri  Narma是第一个本土生物技术棉花品种，2008年获得批准，2009年可以种植。它是一个变种，不是杂交品种，因此农民可以保留种子到下个季节继续播种。由于生物技术棉花可以免受棉铃虫的侵害，棉花产量从2001―2002年的每公顷308公斤增加到2007―2008年每公顷560公斤，预期2008―2009年可以达到每公顷591公斤。印度在世界棉花生产中所占份额2001―2002年为12.5%，2007―2008年占到20.6%，印度已从一个棉花净进口国转变为净出口国。生物技术棉花杂交品种给印度农民，尤其是那些规模小、缺乏资源的棉农带来了可观的经济效益，2002―2007年期间生物技术棉花给印度增加了1280亿卢比（约合32亿美元）的收入。大规模采用生物棉技术的成功证明了要解决农业生产的制约只能依靠及时引进先进的新技术，由此打破限制生产力的障碍，促进以可持续的方式生产农作物。农民则减少了杀虫剂的用量，提高了产量，增加了收入，对待生物技术的态度也大为改观。

　　环境与森林部的基因工程审批委员会和生物技术局在过去的几年中理顺了管理程序，加快批准了改善棉花杂交品种中的第二代生物技术性状，其中包括有效的杂草管理技术（耐除草剂棉花），改善纤维品质，开发耐旱棉花。这将有助于印度棉花产量在2010至2015年之间翻一番。

　　国家研究的重点集中在水稻、小麦、西红柿基因组以及对有机（如疾病、害虫）和无机（如干旱、盐碱）压力的承受力。有些公共经费资助的研发项目侧重于定量品质节点的识别，基因及其在栽培品系中的布局。印度2008年生物技术农作物进行了田间试验的有圆茄子、卷心菜、蓖麻、花菜、谷物、花生、黄秋葵、土豆、稻米、西红柿。其中，圆茄子很有可能成为印度采纳的第一个转基因食品作物。

　　印度目前研究与开发生物农业技术的重点放在发展生物技术粮食、饲料和纤维作物上，这既可以稳定地增加产量，也可以加强营养。由于印度的粮食安全主要靠大米和小麦，研究工作侧重于水稻的基因组学，同时也注意开发改良品种的耐盐碱耐干旱性能，高效杂草处理，生物防虫等。发展耐除草剂作物，尤其是玉米和棉花，也是一个主攻方向。生物技术水稻已经进入农田实验阶段。其他的优先项目还有加强营养质量（如提高大米和芥菜里的　-胡萝卜素，用ama1  基因提高土豆蛋白质的质量），延长水果蔬菜的货架期（尤其是通过延缓成熟的方法）。

　　印度的农业生物技术还面临着不少困难和挑战，例如使用农药喷雾剂和农药残留的解决方案，尤其是水果和蔬菜种植方面；在一些法规方面也要改善，需要与消费者和公众进行更清楚的交流。